Pro-palestinska aktivister hoppade av konvojen efter att det framkommit att HBTQ+-aktivister fanns ombord.
Bland dem som protesterade fanns den tunisiske koordinatorn Khaled Boujemaa.
Han har i sociala medier anklagat arrangörerna för att ha dolt information om deltagarnas identitet.
Särskilt riktades kritik mot aktivisten Saif Ayadi, beskriven som en "kommunistisk queer-militant", som anslöt i Tunisien. Andra aktivister uttryckte också missnöje med vad de såg som att HBTQ+-frågor "kidnappar" den pro-palestinska kampen.
Som följd av konflikten lämnade Greta Thunberg sin ledarroll i flottiljens styrkommitté, men hon stannar kvar ombord som deltagande volontär. Hon säger att fokus bör ligga på situationen i Gaza, inte interna motsättningar.
Flottiljen består av 20 fartyg och över 350 aktivister från 44 länder. Den befinner sig nu på väg mot Gaza med mat, vatten och medicin – ett av de största försöken hittills att bryta blockaden.
Israel förnekar att det råder svält i Gaza och anklagar flottiljen för att stödja Hamas.
Kommentarer förhandsgranskas inte av Riks och är inte redaktionellt material. Du är själv juridiskt ansvarig för det du skriver i kommentarsfältet.